imageJによるstack tiff(16bit)の変換

imageJでstackされたtiffをもらって画像に切り出そうとしたがimagemagickでうまく読めなかったのでpythonを使って変換したメモ.
Pillowsという画像処理ライブラリをによってtiffを読んで,フレームごとに8bitに変換してbmpに保存していく．

from PIL import Image
import numpy as np
im = Image.open('xxx.tif')
print(im.format, im.size, im.mode, im.n_frames)

for i in range(im.n_frames):
    im.seek(i)
    ar = np.array(im)
    ar = ar / 2**4
    pilImg = Image.fromarray(np.uint8(ar))
    pilImg.save("x_{0:04d}.bmp".format(i))